Yo no he tenido nunca ni cofre de techo ni de bola, pero he usado ocasionalmente los dos. Como todas las cosas, cada uno tiene sus ventajas y sus inconvenientes.
Los cofres de techo son incómodos de cargar (y no soy bajito precisamente) y los coches cada vez son más altos... Además un coche con cofre de techo no cabe por todas las puertas de parking. Ese es quizá el principal problema. Luego las cuestiones de ruidos del aire, el consumo mayor, tampoco les beneficia. Además, para montar y desmontar el cofre de techo es más engorroso, lento y suele ser necesario la ayuda de otra persona, a poco voluminoso que sea, si no quieres correr el riesgo de arañar o golpear el techo del coche en la operación. Y su principal ventaja es el precio, efectivamente. Pero no lo es tanto si además tienes comprar las barras, porque sumas y no hay tanta diferencia.
En cambio el cofre de bola es más fácil de cargar, se aprovecha mejor el espacio, se pone y se quita más fácilmente, no incrementa el consumo, ni provoca ruidos, no tienes que preocuparte de la altura en los parkings, es más polivalente (metes al perro si hace falta), no sé, tiene más ventajas para mi. Y sí, es más caro, pero más fácil de revender a mejor precio el día que no lo necesites.