Si se ha descargado por debajo de una tensión el cargador no la reconocerá y no te funcionará. Por una descarga profunda solo, y si no ha durado mucho tiempo, no creo que esté muerta del todo, pero para poderla recuperar hay que usar otros métodos, empezando por un cargador "no inteligente", es decir uno al que no le importe la tensión y le pueda meter 12V y aunque sea un par de amperios limitados, la inteligencia tendrá que ponerla la persona que se quede esperando a que la tensión suba lo suficiente para que el cargador inteligente vuelva a detectarla y entonces ya puedes acabar de cargarla del todo. Estará tocada, pero algún tiempo te aguantará.
Lo que se conoce como "fuente de laboratorio" es buena para esto, limitas la tensión a 13.8V y la intensidad a 2A (o 3A, siempre que no se caliente la batería y lo aguante la fuente) la dejas y ya está, es una carga lenta, pero sin peligro de sobrecargar la batería, al principio la tensión subirá despacio y la fuente limitará la intensidad, cuando ya esté cargada casi del todo, entonces bajará la intensidad y el limite serán los 13.8V. Si le pones algo menos, cuando deje de limitar la corriente y limite la tensión, es el momento de meterla al cargador inteligente.
Lo que pasa es que no todos tienen acceso a una fuente de laboratorio, y nos baratas precisamente, sobre todo si no la vuelves a usar, otra solución es conectarla en paralelo con una cargada y las dos al cargador inteligente, esto engaña al cargador para que funcione y pasado un tiempo se quita la batería buena para que siga cargando la otra. El riesgo de esto es que si la batería descargada está en condiciones de ser recuperada, al conectarla en paralelo con la otra va a pasar mucha corriente, se puede limitar con una resistencia para hacer una carga más lenta que la anterior.
Pero antes de hacer algo así tenemos que saber de qué material puedes disponer y en base a ello podemos decirte una cosa u otra.