He tenido ambos (el de techo es Dometic) y pienso que el de techo es mucho mejor, con diferencia.
En mi caso, el de cajón, estaba en un arcón que hacía la cama y el ruido tan cerca no me gustaba. Además, hay que agujerear diversos lugares para pasar los tubos que reparten el aire.
Su uso es, generalmente, para enfriar por lo que el aire caliente se va al techo y el de techo logra enfriarlo con más facilidad, además de que, cuando logra una temperatura óptima, baja la velocidad el ventilador en modo automático y el compresor actúa bastante poco, pudiéndose obtener una calidad de confort y ruido aceptables.
Saludos y suerte con la elección.