A nosotros nos ha pasado álgo parecido pero en un lateral ,lo que yo he hecho es :
1º.- Quitar la silicona vieja y limpiar , repasar y sellar con Sellaflex de poliuretano(Leroy Merlin),toda la zona.
2º.- Abrir con un couter el interior para ver hasta donde llegaba el daño ,quitar lo podrido o humedecido .
3º.- Secar con un secador de aire caliente y posteriormente dejar que se seque por si sólo el problema unos 15 dias .
4º.- Aplicar espuma de poliuretano para rellenar los huecos donde falta material ,(¡ojo! si no has trabajado núnca con este material porque se multiplica varias veces el volumen de la cantidad que apliques.Mejor si no lo has trabajado núnca ,que hágas una prueba encima de un papel en el exterior para que veas la respuesta del material al secarse).
5º.- Recortar la espuma de poliuretano ya seca para dejarla lo más recta posible siguiendo las lineas del material sano ,pero contando que encima le aplicaremos masilla para reparación de madera.
6º.- Una vez realizado este paso ,aplicaremos másilla de la que se emplea para reparaciones de muebles de madera ,(elegir el tono más conveniente ),date cuenta que digo masilla y nó silicona.
7º.- Dejaremos secar el tiempo conveniente según las instrucciones del fabricante y posteriormente lijaremos.
8º.- Una vez lijada y suavizada la superficie ,igualaremos con el resto ,bien pintando o empapelando para dejar todo como estaba antes de que se filtrará el agua.Saludos.