Yo creo que la silicona no es la mejor solucion, pues el sol le sienta fatal y en poco tiempo no sirve para nada.
Si te he entendido bien, tienes la filtracion en la union del techo con un panel lateral, yo te recomendaria:
Quita la silicona que has puesto, limpia bien la junta con agua y jabon, no muy abundante, pero que quede limpia. La secas con papel absorbente del de cocina
Luego pones un cordon de SIKAFLEX, que es una silicona especial para exteriores, procurando que no quede gordo, solo rellenando los posibles huecos y lo alisas bien. Para terminar das en toda la junta un par de capas de pintura antigoteras Titan (En alcampo la tienes en varios colores unos 6 euros/bote). Yo repare hace dos años la junta de la claraboya y la de los techos con los laterales de esta forma y quedo perfecta, este invierno pasado no note ninguna humedad.
Saludos.