Yo uso un trapo de microfibras un poco húmedo y le doy a las manchas de polvo y tierra que a veces dejan los faldones al rozarse, guardarlo, plegarlo, etc... Si es un excremento de ave (vamos la puñetera cagada de pájaro [emoji28]) lo mismo pero con un poco de más paciencia, humedecer y al rato retirar (lo ideal es hacerlo en cuanto se vean para evitar que se seque).
En cualquier caso, jamás con un cepillo, ni estropajo, ni nada agresivo, tampoco productos de limpieza fuertes. Si el tema es complicado de quitar (tipo resina) toca trapo con agua jabonosa templada y paciencia.
La cuestión es, como dices, no dañar la lona ni quitarle el tratamiento del impermeabilizado.
Peeeero lo mejor es prevenir, además te ahorras casi siempre el trabajo de limpiar, yo pongo una rafia encima del techo del remolque para minimizar esas manchas (algo difícil en ocasiones porque el pájaro de turno conseguirá cargarte justo en ese centímetro cuadrado que no está cubierto jeje).
Salu2.