Comento unas generalidades por si te sirve de ayuda, si eres un "usuario avanzado" te pareceran obvias.
Lo normal es que el cruce lo tengas entre las patas de un elemento de consumo, o sea, el portalamparas de una bombilla, pero cualquier elemento que funcione a 12V puede tener un cruce en su regleta o internamente. En las cajas de empalme tambien lo puedes tener. Una bomba bloqueada en su eje tambien es un corto, pero ya la has descartado.
De entrada revisa estos aparatos susceptibles de tener el cortocircuito, de las lamparas puedes
probar con el interruptor en una posicion o en la otra, aunque tengas un cruce en una lampara, cuando el interruptor 'la tiene apagada' en ese momento no afecta el cortocircuito, en cuanto la enciendas vuelve a aparecer.
No busques un cruce entre los dos hilos del interruptor por que eso solo enciende la lampara (es su funcion) y el problema no es ese. Con lo de
probar no me refiero a ir quemando fusibles, o bien sabes como medir ese corto o usas una bombilla de posicion de coche en el lugar del fusible, si se enciende es que hay corto o algun aparato consume, si se apaga no hay ni cruce ni ningun aparato consumiendo (o no hay corriente en el transfo

).
Si lo de buscar no
funciona tendras que ir sectorizando los circuitos, eso representa algun conocimiento extra de electricidad. Se van separando y verificando los circuitos desde las cajas de conexiones.
Por ultimo, algunas Cv llevaban la red de 12V del transfo a corriente alterna, lo que supone que puede haber un rectificador (graetz) accesorio o no, para alimentar algun dispositivo de corriente continua. Este elemento se conecta entre los dos cables de alimentacion alterna y generalmente su destruccion supone quedar en corto entre los dos cables, solo es una idea mas. Alguna radio? el extractor de humos, la bomba de agua? estos elementos pueden llevar el rectificador.
Lo de la humedad dificilmente va a fundir un fusible asi, a 220V te hara saltar el diferencial.
Saludos