El principio del bootloader sirve para cualquier pic que admita la autoprogramación de la memoria flash, los 16F87X la admiten, por eso solo tienes que currarte una manera "serie" de meterle los datos, puede ser USB, RS232, I2C, SPI, o un terminal software en cualquier pata, lo que no sirve es un bootloader de USB para uno 232 o para un I2C, pero eso es por la entrada de datos, si el 16F88 admite la autoprogramación, se puede hacer.
Para proyectos personales lo fácil es apostar por los "grandes", porque la diferencia de coste es irrisoria, si la centralita de Dedalo hubiera que construirla a millones, entonces compensaría usar el más pequeño, porque una diferencia de 2 euros suponen 2 millones, pero para su centralita ¿que más da que cueste 7 que 9?
Una cosa que suele pasar es que te especializas en una familia, Dedalo parece muy familiarizado con la del MCS51 como yo lo estuve, cuesta cambiar entonces, yo lo hice cuando "no tuve más remedio", es decir cuando mi programador de C51 no tenía drivers para Windows 2000, entonces descubrí que los PIC se programan con "una piedra" y fue una razón, luego el C gratuito ya fue la repera, parece que vendo "C" pero es que el ensamblador que aprendas solo te servirá para una familia, te ayudará a pensar "ensamblador" que viene muy bien para depurar, pero una vez que aprendes C, se te abren las puertas de todos los micros y cuando cambias solo tienes que aprender lo concreto de ese micro, y seguramente ya habrá una función muy parecida a lo que buscas en alguna parte, aunque esté en pascal, o en basic, pasarla a C será coser y cantar.
Lamento decirte que esta "soltura" no se aprende en la uni,

en informática de sistemas (antes "de sistemas físicos") te enseñan "Programación", y te sirve para cualquier programación y lenguajes (son sus limitaciones de memoria y demás) si no han cambiado mucho, también te enseñan los microcontroladores, (un modelo "universal" tipo PIC, MCS51, ARM...) en industriales te enseñan algo de electrónica, pero solo principios básicos, solo en la técnica de electrónica o en una rama de comunicaciones es donde más se aprende, o debería, pero hasta que no te metes tu a saco, todo es teoría, y no esperes aprender a soldar allí...
Lo que si te dan es una base muy solida, que te hace entender (o debería hacerte entender) porque pasan ciertas cosas, por ejemplo, la cargabilidad de una salida, o la corriente de entrada.
Me he encontrado a alumnos que le metían la salida de un PLC (que es de 24V) a un integrado lógico (que solo admite 5)... "este integrado es una mierda, se quema en dos usos, pero el circuito está bien porque antes de quemarse funciona"

otros diferentes lo hacían al revés, metían la salida de un integrado lógico (ó 0V ó 5V) a la entrada de un PLC (que es de 24V) no se rompía nada, pero "este PLC es una mierda, el circuito va perfectamente porque lo medimos y va bien, pero el autómata no se entera"... otros querían mover un motor de 40W con la misma salida lógica... y lo peor, controlar un triac conectándolo directamente a la salida de un PC, sin optoacoplador ni na... "he probado el circuito con un pulsador y si funciona ¿porque aquí saltan los plomos?", los plomos, la tarjeta de adquisición, el PC..., y tu no porque el teclado es de plástico...
En fin, que la soltura la da el estar "todos los días" con el tema, después de quemar unos cuantos, ya vas aprendiendo más cosas...
Ah, que se me olvidaba "Bolonia" ahora todas las carreras son de 4 años, así que no hay técnica y superior, así que infórmate bien. Que conste que yo soy de los que animan, si empiezas alguna y piensas que no vas a poder con todo, por trabajo, por tiempo... coge una fácil y una difícil, si dejas las difíciles para el final, nunca acabas...